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Proteoform identification and quantification based on alignment graphs
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OA
AI
DOI：10.1093/bioinformatics/btaf007.png)
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摘要
En 中文
动机 Proteoforms 是由基因组生成的蛋白质的不同形式，具有各种序列变异、剪接异构体和翻译后修饰。Proteoforms 调节蛋白质结构和功能。由于不同的修饰位点，单个蛋白质可以具有多种 Proteoforms。Proteoform 鉴定是指找到最适合输入谱图的给定蛋白质的 Proteoforms。Proteoform 定量是指找到特定蛋白质的不同 Proteoforms 的对应丰度。
结果 我们提出了基于自上而下串联质谱的 Proteoform 鉴定和定量算法。在 HomMTM 谱图和参考蛋白质的组合比对中，我们需要对预定义误差范围内的每个匹配峰进行质量校正。校正后，我们要求蛋白质中任意两个（不一定是连续的）匹配节点之间的质量与 HomMTM 谱图中对应两个匹配峰的质量相同。我们设计了一个回溯图来存储此类信息，并在该回溯图中找到具有最小峰强度误差之和的组合路径（k 条路径）。获得的比对还可以显示这些 Proteoforms（路径）的相对丰度。我们的实验结果表明，该算法能够鉴定和定量包含更多峰的 Proteoform 组合。这一进展有望提高 Proteoform 定量的准确性和全面性，满足基于自上而下 MS 的蛋白质组学领域的迫切需求。
可用性与实现 该软件包可在 https://github.com/Zeirdo/TopMGQuant 获取。
Keyword:
MASS
SOFTWARE
期刊
IF:
5.4
论文数:
1.1K
被引数:
17.9W
机构
引用论文
Multiplexed mass spectrometry of individual ions improves measurement of proteoforms and their complexes单个离子的多路质谱改善了蛋白质形式及其复合物的测量.png)
NATURE METHODS
OAAI
NATURE METHODSIF32.1
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