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Quantifying randomness in complex graph sets using pairwise graph distances
DOI:10.1007/s00607-026-01717-x.png)
摘要
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虽然简单随机图模型通常具有坚实的理论基础,但具有复杂约束的图只能通过启发式算法生成。使用这些方法时,无法保证生成的图具有足够的随机性。然而,这在随机图的许多应用中至关重要,例如创建真实且多样的合成数据集。为解决此问题,我们提出了一种基于成对图距离的随机性度量,并介绍了四种基于特征的新型图距离度量,这些度量针对具有小图(图元)有限频率的图进行了定制。其中三种距离使用来自图元频率的特征,而第四种则基于联合度分布,因此更容易计算。我们在一系列合成和真实网络实验中评估了这些距离。实验结果表明,两种基于图元的距离未能可靠地显示良好结果,特别是在测量随机性的实验中未能重现预期趋势。然而,我们新颖的径向图元分布距离是有效的,其性能与最先进的方法相当。这些发现强调了选择适当图距离的重要性。最后,我们证明易于计算的联合度距离是图元距离的一种可行替代方案,尤其适用于测量大型网络集合中的随机性。
Keyword:
Complex networks
Graph distances
Network motifs
Graphlet analysis
Random graphs
期刊
C
IF:
2.8
论文数:
2.3K
被引数:
3.5K
机构
引用论文
Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data从单细胞转录组数据进行基因调控网络推断的基准算法
NATURE METHODS
IF32.1

