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Scratch Assay Assessment Benchmark
DOI:10.1007/978-3-031-97822-7_2.png)
摘要
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划痕实验评估是一种广泛使用且标准化的方法,用于研究集体细胞迁移和伤口愈合过程。现代实验室技术提供了高分辨率数字图像采集的可能性,从而使得计算机视觉方法可用于划痕实验的分析。基准测试是衡量新开发分析工具性能的必要手段。公开可用的数据集和软件工具是确保客观且可重复测试所必需的。本研究介绍了一个新的数据集,包含使用工业平板阅读器获得的高分辨率原始图像,以及由专家手动标注的真值数据,以解决标注的划痕实验图像稀少的问题。该数据集相较于其他公开数据集的优势在于其分辨率高得多(最高可达10倍)。此外,它覆盖了培养孔中的整个细胞层,允许检查整个伤口区域而非仅中央区域。除了数据集,还将发布一个包含两个算法的软件工具,这些算法用于利用所提供的数据测量伤口愈合。其性能将与其它公开可用的工具进行比较。
Keyword:
Scratch assay
benchmark
wound healing assessment
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new database
PLUS-ScratchAssayAnalyzer
期刊
R
IF:
0
论文数:
13
被引数:
0
机构
引用论文
Annotated high-throughput microscopy image sets for validation用于验证的带注释的高通量显微镜图像集
NATURE METHODS
IF32.1
Cell migration analysis: Segmenting scratch assay images with level sets and support vector machines
PATTERN RECOGNITION
IF7.6
Cell Motility Dynamics: A Novel Segmentation Algorithm to Quantify Multi-Cellular Bright Field Microscopy Images
PLoS ONE
IF0

