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TDEase: An Open-Source Data Visualization Software Framework for Targeted Proteoform Characterization by Top-Down Proteomics
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AI
DOI：10.1002/pmic.70031.png)
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摘要
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自上而下蛋白质组学（TDP）是一种表征完整蛋白质分子及其多样蛋白质变体（proteoforms）的强大方法。尽管取得了近期进展，但当前TDP软件工具通常存在工作流程碎片化、非专家学习曲线陡峭或交互式可视化能力有限等问题。为应对这些挑战，我们介绍了TDEase，这是一个集成的分析框架，旨在简化和增强TDP数据解释，目前重点关注与TopPIC套件包的集成，用于靶向蛋白质变体表征。TDEase具有模块化架构，包括TDPipe（一个多进程数据处理引擎）和TDVis（一个交互式基于Web的可视化模块）。TDPipe通过用户可配置的流程自动化执行主流TDP分析算法，确保数据处理的无缝性和可重复性。随后，TDVis模块将这些结果转化为动态交互式仪表板，支持多维数据探索，包括特征图谱和翻译后修饰（PTM）分析。此外，还提供了替代版本TDVisWeb，用于在机构核心设施的服务器或内网工作站上可视化结果。我们使用已发表组蛋白数据集展示了该软件在蛋白质变体识别和比较分析方面的能力。TDEase采用Python构建且开源，允许未来改进以及随着TDP社区开发新软件而整合更多数据类型。源代码可在https://github.com/Computational-TDMS/TDEase获取。
Keyword:
data processing and analysis
mass spectrometry
post-translational modification analysis
top-down proteomics
期刊
IF:
3.9
论文数:
7.6K
被引数:
1.1W
机构
引用论文
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