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TFinder: A Python Web Tool for Predicting Transcription Factor Binding Sites
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AI
DOI：10.1016/j.jmb.2024.168921.png)
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摘要
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转录是细胞的关键过程，包括从基因DNA序列合成多个RNA拷贝。该过程高度受调控，并与转录因子特异性结合DNA的能力密切相关。TFinder是一个易于使用的Python网络门户，可用于识别个体基序（IM），例如转录因子结合位点（TFBS）。通过使用NCBI API，TFinder可通过简单的NCBI基因名称或ID查询提取启动子或基因末端调控区域。它能够同时分析五个不同物种中无限数量的基因。TFinder搜索不同格式的个体基序，包括IUPAC代码和JASPAR条目。此外，TFinder还允许从头生成位置权重矩阵（PWM）和使用已建立的PWM。最后，数据以表格和图形格式提供，显示所找到的个体基序的相关性、P值以及相对于转录起始位点（TSS）或基因末端区域的位置。结果随后通过电子邮件发送给用户，便于后续的数据分析和共享。TFinder由Python编写，在GitHub上免费提供，采用MIT许可证：https://github.com/Jumitti/TFinder。它可以作为网络应用程序访问，TFINDER的优势在于它依赖于一个一站式直观工具，允许不熟悉生物信息学工具的用户在多个物种中检索基因调控区域序列，并在大量基因中搜索个体基序。(c) 2024 The Author(s)。由Elsevier Ltd.出版。这是一篇在CC BY许可（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）下的开放获取文章。
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OPEN-ACCESS DATABASE
TUMOR-SUPPRESSOR
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