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Transformers as a substrate for structural biology
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AI
DOI：10.1016/j.sbi.2025.103218.png)
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摘要
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Transformer正在迅速重塑结构生物学。我们认为其原因是“涌现潜在生物学”（ELB）：Transformer将蛋白质置于高维表示中，使得隐藏的生物物理模式更容易被识别。我们围绕四个关键领域探讨这一概念：蛋白质折叠、变异效应、蛋白质-蛋白质和蛋白质-药物相互作用。强调近期进展的同时，我们指出，对于预测精确结合强度等最难的定量任务，传统的基于物理的计算仍然必不可少。此外，我们关注主要陷阱，认为进展取决于解决关键的“化学差距”（modelling chemical modifications）和“动态差距”（预测蛋白质运动），这需要更好的验证方法和新的大规模实验。
Keyword:
Transformers
Structural biology
Protein folding
Protein–protein interactions
Chemistry gap
