A deep (learning) dive into a cell

Kristin Branson

doi:10.1038/nmeth.4658

Return

A deep (learning) dive into a cell

2018-04-03

PRE

Kristin Branson *

DOI：10.1038/nmeth.4658

Original

Original request for help

Save

Abstract

En 中文

An interpretable, deep neural network produces mechanistic hypotheses on how genetic interactions contribute to whole-cell phenotypes.

AI Summary

Key information extracted from the uploaded paper, including a brief overview, abstract, background, key highlights, visual analysis, and future outlook.

Journal

Nature Methods

IF:

32.1

Papers:

7.2K

Citations:

12.7W

Organization

Howard Hughes Medical Institute

Scholars:

1.2W

Papers: 7.8K

Citations: 6.0W

Cited Papers

Expansion of the Gene Ontology knowledgebase and resources

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

IF13.1

2016-11-29

1.0K

OAAI

Carbon, S.; Dietze, H.; Lewis, S. E.; Mungall, C. J.; Munoz-Torres, M. C.; Basu, S.; Chisholm, R. L.; Dodson, R. J.; Fey, P.; Thomas, P. D.; Mi, H.; Muruganujan, A.; Huang, X.; Poudel, S.; Hu, J. C.; Aleksander, S. A.; McIntosh, B. K.; Renfro, D. P.; Siegele, D. A.; Antonazzo, G.; Attrill, H.; Brown, N. H.; Marygold, S. J.; McQuilton, P.; Ponting, L.; Millburn, G. H.; Rey, A. J.; Stefancsik, R.; Tweedie, S.; Falls, K.; Schroeder, A. J.; Courtot, M.; Osumi-Sutherland, D.; Parkinson, H.; Roncaglia, P.; Lovering, R. C.; Foulger, R. E.; Huntley, R. P.; Denny, P.; Campbell, N. H.; Kramarz, B.; Patel, S.; Buxton, J. L.; Umrao, Z.; Deng, A. T.; Alrohaif, H.; Mitchell, K.; Ratnaraj, F.; Omer, W.; Rodriguez-Lopez, M.; Chibucos, M. C.; Giglio, M.; Nadendla, S.; Duesbury, M. J.; Koch, M.; Meldal, B. H. M.; Melidoni, A.; Porras, P.; Orchard, S.; Shrivastava, A.; Chang, H. Y.; Finn, R. D.; Fraser, M.; Mitchell, A. L.; Nuka, G.; Potter, S.; Rawlings, N. D.; Richardson, L.; Sangrador-Vegas, A.; Young, S. Y.; Blake, J. A.; Christie, K. R.; Dolan, M. E.; Drabkin, H. J.; Hill, D. P.; Ni, L.; Sitnikov, D.; Harris, M. A.; Hayles, J.; Oliver, S. G.; Rutherford, K.; Wood, V.; Bahler, J.; Lock, A.; De Pons, J.; Dwinell, M.; Shimoyama, M.; Laulederkind, S.; Hayman, G. T.; Tutaj, M.; Wang, S. -J.; D'Eustachio, P.; Matthews, L.; Balhoff, J. P.; Balakrishnan, R.; Binkley, G.; Cherry, J. M.; Costanzo, M. C.; Engel, S. R.; Miyasato, S. R.; Nash, R. S.; Simison, M.; Skrzypek, M. S.; Weng, S.; Wong, E. D.; Feuermann, M.; Gaudet, P.; Berardini, T. Z.; Li, D.; Muller, B.; Reiser, L.; Huala, E.; Argasinska, J.; Arighi, C.; Auchincloss, A.; Axelsen, K.; Argoud-Puy, G.; Bateman, A.; Bely, B.; Blatter, M. -C.; Bonilla, C.; Bougueleret, L.; Boutet, E.; Breuza, L.; Bridge, A.; Britto, R.; Hye-A-Bye, H.; Casals, C.; Cibrian-Uhalte, E.; Coudert, E.; Cusin, I.; Duek-Roggli, P.; Estreicher, A.; Famiglietti, L.; Gane, P.; Garmiri, P.; Georghiou, G.; Gos, A.; Gruaz-Gumowski, N.; Hatton-Ellis, E.; Hinz, U.; Holmes, A.; Hulo, C.; Jungo, F.; Keller, G.; Laiho, K.; Lemercier, P.; Lieberherr, D.; MacDougall, A.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Masson, P.; Natale, D. A.; O'Donovan, C., V; Pedruzzi, I.; Pichler, K.; Poggioli, D.; Poux, S.; Rivoire, C.; Roechert, B.; Sawford, T.; Schneider, M.; Speretta, E.; Shypitsyna, A.; Stutz, A.; Sundaram, S.; Tognolli, M.; Wu, C.; Xenarios, I.; Yeh, L. -S.; Chan, J.; Gao, S.; Howe, K.; Kishore, R.; Lee, R.; Li, Y.; Lomax, J.; Muller, H. -M.; Raciti, D.; Van Auken, K.; Berriman, M.; Stein, L.; Kersey, Paul; Sternberg, P. W.; Howe, D.; Westerfield, M.

Save

Band structure engineering of multiple band degeneracy for enhanced thermoelectric power factors in MTe and MSe (M = Pb, Sn, Ge)

RSC Advances

IF0

2015-01-01

PREAI

Guangqian Ding; Jie Li; Guoying Gao

Save

Using deep learning to model the hierarchical structure and function of a cell

NATURE METHODS

IF32.1

2018-03-05

292

OAAI

Ma, Jianzhu; Yu, Michael Ku; Fong, Samson; Ono, Keiichiro; Sage, Eric; Demchak, Barry; Sharan, Roded; Ideker, Trey

Save