A nanopore-based HIV-1 reference epitranscriptome

doi:10.1093/nar/gkag220

A nanopore-based HIV-1 reference epitranscriptome

2026-04-13

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DOI：10.1093/nar/gkag220

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对RNA的转录后修饰，即表观转录组，在RNA代谢、基因调控和疾病发病机制中发挥重要作用。然而，绘制修饰图谱并表征其功能往往因对其存在和重要性的共识缺乏而受到挑战。参考表观转录组数据的可用性将显著推动表观转录组学研究。为此，我们建立了一种人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的参考表观转录组，这是一种重要的人类病原体。我们使用最新的纳米孔技术对感染T细胞中的模型HIV-1基因组进行测序。生成了一个有义和新的初步反义HIV-1表观转录组，其中N6-甲基腺苷、5-甲基胞苷、假尿苷、次黄苷和2'-O-甲基修饰通过多重碱基调用在核苷酸分辨率下进行绘制。由于序列和修饰背景导致的修饰误判通过合成RNA片段进行校正，m6A通过抑制剂进行验证。修饰在联合抗逆转录病毒治疗、原代CD4+ T细胞和HIV-1病毒粒中保持一致。相比之下，观察到依赖剪接转录本的修饰水平。对生活带HIV人群的样本测序揭示了循环菌株中m6A的显著保守性。我们的方法提供了一个基准参考以推进HIV-1表观转录组学研究，并为其他病毒或病原体的参考表观转录组创建提供了路线图。

Keyword:

CEREBROSPINAL-FLUID

RNA MODIFICATION

PHARMACOKINETICS

LAMIVUDINE

INHIBITOR

MODOMICS

ELEMENTS

DATABASE

SERUM

M(5)C

A nanopore-based HIV-1 reference epitranscriptome

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