Haplotype and isoform specific expression estimation using multi-mapping RNA-seq reads

Ernest Turro

doi:10.1186/gb-2011-12-2-r13

2011-02-10

239

DOI：10.1186/gb-2011-12-2-r13

原文链接

查看原文

摘要

En 中文

We present a novel pipeline and methodology for simultaneously estimating isoform expression and allelic imbalance in diploid organisms using RNA-seq data. We achieve this by modeling the expression of haplotype-specific isoforms. If unknown, the two parental isoform sequences can be individually reconstructed. A new statistical method, MMSEQ, deconvolves the mapping of reads to multiple transcripts (isoforms or haplotype-specific isoforms). Our software can take into account non-uniform read generation and works with paired-end reads.

Keyword:

ORIGIN ALLELIC EXPRESSION

AI总结

对已上传原文的论文进行重点信息的提取，主要内容包括：简要概述、研究摘要、背景介绍、关键亮点、图文解析、展望与总结。

期刊

Genome Biology

IF:

9.4

论文数:

6.4K

被引数:

7.3W

机构

university of california san francisco

学者数:

5.3W

论文数: 4.0W

被引数: 67

University of California System

学者数:

37.7W

论文数: 33.8W

被引数: 6.6K

Imperial College London

学者数:

8.3W

论文数: 7.3W

被引数: 11.1W

查看更多机构

引用论文

Molecular Architecture in Muscle Contractile Assemblies

Advances in Protein Chemistry

IF0

2005-01-01

PREAI

John M. Squire; Hind A. Al‐khayat; Carlo Knupp; Pradeep K. Luther

Modeling non-uniformity in short-read rates in RNA-Seq data

GENOME BIOLOGY

IF9.4

2010-05-11

195

OAAI

Li, Jun; Jiang, Hui; Wong, Wing Hung

Search for the B→Y(4260)K , Y(4260)→J/ψπ+π− decays

Physical Review D

IF0

2019-04-12

OAAI

R. Garg; V. Bhardwaj; J. B. Singh; I. Adachi; J. K. Ahn; H. Aihara; S. Al Said; D. M. Asner; V. Aulchenko; T. Aushev; R. Ayad; V. Babu; S. Bahinipati; V. Bansal; C. Beleño; T. Bilka; J. Biswal; A. Bobrov; A. Bozek; M. Bračko; L. Cao; D. Červenkov; A. Chen; B. G. Cheon; K. Chilikin; H. E. Cho; K. Cho; S.-K. Choi; Y. Choi; D. Cinabro; S. Cunliffe; N. Dash; S. Di Carlo; Z. Doležal; T. V. Dong; Z. Drásal; S. Eidelman; J. E. Fast; B. G. Fulsom; V. Gaur; N. Gabyshev; A. Garmash; A. Giri; B. Golob; O. Grzymkowska; J. Haba; K. Hayasaka; H. Hayashii; W.-S. Hou; C.-L. Hsu; K. Inami; G. Inguglia; A. Ishikawa; R. Itoh; M. Iwasaki; Y. Iwasaki; W. W. Jacobs; H. B. Jeon; S. Jia; Y. Jin; D. Joffe; K. K. Joo; T. Julius; A. B. Kaliyar; T. Kawasaki; H. Kichimi; D. Y. Kim; J. B. Kim; S. H. Kim; K. Kinoshita; P. Kodyš; S. Korpar; D. Kotchetkov; P. Križan; R. Kroeger; P. Krokovny; T. Kuhr; R. Kumar; Y.-J. Kwon; J. S. Lange; J. K. Lee; S. C. Lee; C. H. Li; L. K. Li; Y. B. Li; L. Li Gioi; J. Libby; D. Liventsev; P.-C. Lu; T. Luo; J. MacNaughton; M. Masuda; T. Matsuda; D. Matvienko; M. Merola; K. Miyabayashi; H. Miyata; R. Mizuk; G. B. Mohanty; T. Mori; R. Mussa; M. Nakao; K. J. Nath; M. Nayak; S. Nishida; K. Nishimura; S. Ogawa; H. Ono; Y. Onuki; P. Pakhlov; G. Pakhlova; B. Pal; S. Pardi; S. Patra; S. Paul; T. K. Pedlar; R. Pestotnik; L. E. Piilonen; V. Popov; K. Prasanth; E. Prencipe; P. K. Resmi; A. Rostomyan; G. Russo; Y. Sakai; M. Salehi; S. Sandilya; T. Sanuki; O. Schneider; G. Schnell; J. Schueler; C. Schwanda; Y. Seino; K. Senyo; M. E. Sevior; V. Shebalin; C. P. Shen; T.-A. Shibata; J.-G. Shiu; A. Sokolov; E. Solovieva; M. Starič; Z. S. Stottler; M. Sumihama; T. Sumiyoshi; M. Takizawa; K. Tanida; F. Tenchini; K. Trabelsi; M. Uchida; T. Uglov; Y. Unno; S. Uno; Y. Usov; R. Van Tonder; G. Varner; K. E. Varvell; E. Waheed; B. Wang; C. H. Wang; M.-Z. Wang; P. Wang; X. L. Wang; M. Watanabe; E. Won; S. B. Yang; H. Ye; J. Yelton; J. H. Yin; C. Z. Yuan; Z. P. Zhang; V. Zhilich; V. Zhukova; V. Zhulanov

Interaction of (phthalocyaninato)iron(II) with molecular oxygen: synthesis and characterization of two different crystalline forms of (.mu.-oxo)bis[(phthalocyaninato)iron(III)]

Inorganic Chemistry

IF0

2002-05-01

PREAI

C. Ercolani; M. Gardini; F. Monacelli; G. Pennesi; G. Rossi

Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

IF13.1

2010-04-14

623

OAAI