Loop engineering improves prime editing efficiency

Bailun Li

doi:10.1016/j.omtn.2025.102764

Loop engineering improves prime editing efficiency

2025-11-06

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AI

DOI：10.1016/j.omtn.2025.102764

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碱基编辑器（PE）因其多样的编辑结果而具有显著的临床转化潜力。然而，其编辑效率通常低于野生型Cas9和碱基编辑器（BE）。先前的研究表明，pegRNA内的引物结合位点（PBS）和反转录模板（RTT）的可及性限制了目标位点所需编辑的引入。本研究探讨了PBS-RTT序列的位置和拷贝数是否是影响PE编辑效率的重要参数。我们将额外的PBS-RTT序列插入pegRNA的环2、四核苷酸环或3'端，同时将3'端的PBS-RTT移动至sgRNA的内茎环结构中。将额外的PBS-RTT拷贝插入环2（而非四核苷酸环）可提高40-147%的PE编辑效率，且这一效果在不同目标位点和细胞背景下均得到体现。这表明，PBS-RTT序列的局部浓度和空间位阻均可能影响其与DNA切口端的结合可及性，进而影响PE的编辑效率。通过解决PBS-RTT可及性受限的瓶颈，本策略有望拓宽PE的广泛应用，特别是在临床转化医学领域。

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