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Reconstructing epigenomic dynamics through a single-cell multi-epigenome data integration framework
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AI
DOI：10.1038/s41467-025-67016-9.png)
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摘要
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转录调控源于多种调控因子对基因组DNA的动态与组合作用。尽管已鉴定出许多表观基因组调控因子，但这些因子在单个基因位点处积累以激活转录的精确顺序仍不明确。本研究展示了一种单细胞数据整合框架，可推断多种染色质因子在单细胞分辨率下的结合顺序。该框架的核心是sci-mtChIL-seq，一种可扩展的单细胞方法，可同时绘制RNA聚合酶II（RNAPII）和多种表观基因组调控因子在全基因组范围内的结合情况。通过利用RNAPII占有率定义转录状态并整合多个sci-mtChIL-seq数据集，我们将转录因子结合、组蛋白修饰和染色质重塑的组合模式系统地联系起来。该框架揭示了转录激活过程中染色质因子之间的时序协调，为揭示复杂细胞系统中依赖背景的表观基因组动力学及基因调控原则提供了强大方法。本研究提出了一种单细胞多表观基因组框架，利用RNA聚合酶II谱作为参考，重建细胞状态转换期间协调的染色质动力学和转录调控。
Keyword:
single-cell multi-epigenome
transcriptional regulation
chromatin factors
RNA polymerase II
epigenomic dynamics
AI总结
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期刊
IF:
15.7
论文数:
9.3W
被引数:
91.2W
机构
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