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REDAC: RNA-seq expression data analysis chatbot
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AI
DOI：10.1093/bioadv/vbaf321.png)
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摘要
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动机 目前，由于RNA-seq表达数据分析的分析过程和结果解释的复杂性，研究人员通常需要生物信息学专家的支持。以严格且可重复的方式选择适当的统计检验和执行必要的数据操作（如归一化和过滤）对许多用户来说仍然是一个重大挑战。
结果 我们开发了REDAC，一个基于R的Web应用程序，提供了一个交互式平台，旨在简化和增强RNA-seq表达数据的探索与分析。REDAC提供了一种简便的方法，通过用户的自然语言查询快速、轻松、透明地执行差异RNA-seq分析。此外，它允许运行完整分析、生成全面可视化，并通过两种流行的语言模型（Gemma和LLaMA）生成通路富集结果的生物解释，这些模型由基于PubMed的检索增强生成模块指导。最后，REDAC通过自动生成分析报告促进可重复性。
可用性与实现 REDAC可用于本地（https://github.com/franruss/REDAC）和在线使用（https://frusso.shinyapps.io/REDAC）。用户手册：https://github.com/franruss/REDAC/blob/main/docs/REDAC_user_manual.pdf
Keyword:
RNA-seq analysis
bioinformatics
differential expression
natural language processing
reproducible research
期刊
B
IF:
2.8
论文数:
131
被引数:
0
机构
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