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InspectorORF: a tool for visualizing Ribo-Seq and additional genomic or transcriptomic data
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DOI：10.1093/bioadv/vbag031.png)
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摘要
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研究动机：核糖体定位技术（RNA测序的改进方法）的出现，用于确定翻译组，极大地提高了我们对转录组中哪些部分被翻译的理解。目前经常检测到许多替代开放阅读框（ORFs），例如移码、重叠、上游或下游阅读框，以及使用非典型起始密码子的替代阅读框。已开发出多种用于检测此类新型ORFs的工具，但它们缺乏直观检查读长的能力——这是验证和预测翻译的重要方面。
研究结果：核糖体定位和RNA测序读长的整合与可视化，能够区分转录和翻译信号，从而有助于验证预测的新型开放阅读框。此外，纳入互补证据（如蛋白质组学和长读长测序）可进一步验证预测的新型开放阅读框。
可用性与实现：在此，我们介绍InspectorORF（https://www.github.com/aylz83/inspectorORF），一个R语言包，可便捷地绘制核糖体定位读长，并与RNA测序读长一起绘制在转录本和/或ORFs上。此外，还可绘制自定义信息，包括来自其他条件或样本的数据、蛋白质组学分析结果以及长读长测序读长。
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B
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2.8
论文数:
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