.png){kind=icon}
返回
Precise DNA base editing using AlphaFold3-based contact modelling
.png){kind=icon}
PRE
AI
DOI：10.1038/s41586-026-10794-z.png)
.png){kind=icon}
原文求助.png){kind=icon}
分享.png){kind=icon}
收藏
摘要
En 中文
实现生化转化中的高特异性对于研究和治疗至关重要。这对于基因组编辑尤为重要，因为增强工具的特异性可确保有效的精确编辑结果¹,²。当前策略受限于活性-特异性权衡、高劳动强度和低成功率³,⁴。在此，我们提出ContactSeek，一种基于人工智能的框架，利用AlphaFold3（AF3）预测的接触概率⁵来提高基因组编辑器的特异性。以Cas9–TadA腺嘌呤碱基编辑器⁶⁻⁸为例，我们绘制了其全基因组脱靶位点，并将脱靶DNA序列输入AF3。在AF3输出中，我们发现接触概率比预测的三维结构更能灵敏地检测到靶标与非靶标复合物之间的差异相互作用。将接触概率与基于测序的脱靶信号相关联，ContactSeek识别并排序了共识接触区域，这些区域是邻近的Cas残基，其对DNA/引导RNA的接触变化一致，并确定了其中的特异性决定残基。ContactSeek还可模块化应用，并识别出TadA8e脱氨酶中的关键残基。靶向扩增子测序、全基因组分析、R-环测定和RNA测序共同证实了其显著增强的特异性；我们最佳变体结合了Cas9和TadA8e的两个突变，表现优于多种已知的高保真腺嘌呤碱基编辑器。ContactSeek也可推广应用于Cas12a基胞嘧啶碱基编辑器。总体而言，我们的框架代表了一种由AF3驱动的模型，专门用于特异性改进，为通过整合结构和功能维度提高基因组编辑工具的精度建立了范例。ContactSeek是一种AlphaFold3驱动的模型，能够提高基因组编辑工具的精度。
期刊
IF:
48.5
论文数:
1.8W
被引数:
96.5W
机构
引用论文
Unsupervised evolution of protein and antibody complexes with a structure-informed language model具有结构信息语言模型的蛋白质和抗体复合物的无监督进化.png)
Science
ScienceIF0
PREAI
分享收藏Phage-assisted evolution of an adenine base editor with improved Cas domain compatibility and activity具有改进的Cas结构域相容性和活性的腺嘌呤碱基编辑器的噬菌体辅助进化NATURE BIOTECHNOLOGY
OAAI
NATURE BIOTECHNOLOGYIF41.7
OAAI分享收藏Crystal structure of Staphylococcus aureus tRNA adenosine deaminase TadA in complex with RNA金黄色葡萄球菌tRNA腺苷脱氨酶TadA与RNA复合物的晶体结构
PREAI
分享收藏Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA cleavage基因组DNA中A • T到G • C的可编程碱基编辑，无需DNA切割NatureOAAI
NatureIF0
OAAI分享收藏Breaking the conformational ensemble barrier: Ensemble structure modeling challenges in CASP15打破构象集合障碍: CASP15中的集合结构建模挑战
OAAI
OAAI分享收藏
查看更多内容