Trycycler: consensus long-read assemblies for bacterial genomes

Ryan R. Wick

doi:10.1186/s13059-021-02483-z

2021-09-14

217

DOI：10.1186/s13059-021-02483-z

原文链接

查看原文

摘要

En 中文

While long-read sequencing allows for the complete assembly of bacterial genomes, long-read assemblies contain a variety of errors. Here, we present Trycycler, a tool which produces a consensus assembly from multiple input assemblies of the same genome. Benchmarking showed that Trycycler assemblies contained fewer errors than assemblies constructed with a single tool. Post-assembly polishing further reduced errors and Trycycler+polishing assemblies were the most accurate genomes in our study. As Trycycler requires manual intervention, its output is not deterministic. However, we demonstrated that multiple users converge on similar assemblies that are consistently more accurate than those produced by automated assembly tools.

Keyword:

Genome assembly

Bacterial genomics

Whole-genome sequencing

Long-read sequencing

Oxford Nanopore sequencing

AI总结

对已上传原文的论文进行重点信息的提取，主要内容包括：简要概述、研究摘要、背景介绍、关键亮点、图文解析、展望与总结。

期刊

Genome Biology

IF:

9.4

论文数:

6.4K

被引数:

7.3W

机构

Monash University

学者数:

5.4W

论文数: 5.4W

被引数: 79

引用论文

Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND 使用钻石快速和灵敏的蛋白质对齐

NATURE METHODS

IF32.1

2014-11-17

8.1K

PREAI

Buchfink, Benjamin; Xie, Chao; Huson, Daniel H.

Compendium of 4,941 rumen metagenome-assembled genomes for rumen microbiome biology and enzyme discovery

NATURE BIOTECHNOLOGY

IF41.7

2019-08-02

341

OAAI

Stewart, Robert D.; Auffret, Marc D.; Warr, Amanda; Walker, Alan W.; Roehe, Rainer; Watson, Mick

Prevalence of Anxiety, Depression, and Substance Use Disorders in an Urban General Medicine Practice

Archives of Family Medicine

IF0

2000-09-01

PREAI

M. Olfson

Performance of neural network basecalling tools for Oxford Nanopore sequencing 用于牛津纳米孔测序的神经网络基础调用工具的性能

GENOME BIOLOGY

IF9.4

2019-06-24

855

OAAI

Wick, Ryan R.; Judd, Louise M.; Holt, Kathryn E.

A parallel harmony search algorithm with dynamic harmony-memory size

2013 25th Chinese Control and Decision Conference (CCDC)

IF0

2013-05-01

PREAI

Jiang We; Wang Jing; Wang Wei; Cao Liulin; Jin Qibing

Three-Particle Coincidence of the Long Range Pseudorapidity Correlation in High Energy Nucleus-Nucleus Collisions

Physical Review Letters

IF0

2010-07-08

OAAI

B. I. Abelev; M. M. Aggarwal; Z. Ahammed; A. V. Alakhverdyants; B. D. Anderson; D. Arkhipkin; G. S. Averichev; J. Balewski; O. Barannikova; L. S. Barnby; S. Baumgart; D. R. Beavis; R. Bellwied; M. J. Betancourt; R. R. Betts; A. Bhasin; A. K. Bhati; H. Bichsel; J. Bielcik; J. Bielcikova; B. Biritz; L. C. Bland; I. Bnzarov; B. E. Bonner; J. Bouchet; E. Braidot; A. V. Brandin; A. Bridgeman; E. Bruna; S. Bueltmann; T. P. Burton; X. Z. Cai; H. Caines; M. Calderón de la Barca Sánchez; O. Catu; D. Cebra; R. Cendejas; M. C. Cervantes; Z. Chajecki; P. Chaloupka; S. Chattopadhyay; H. F. Chen; J. H. Chen; J. Y. Chen; J. Cheng; M. Cherney; A. Chikanian; K. E. Choi; W. Christie; P. Chung; R. F. Clarke; M. J. M. Codrington; R. Corliss; J. G. Cramer; H. J. Crawford; D. Das; S. Dash; A. Davila Leyva; L. C. De Silva; R. R. Debbe; T. G. Dedovich; M. DePhillips; A. A. Derevschikov; R. Derradi de Souza; L. Didenko; P. Djawotho; S. M. Dogra; X. Dong; J. L. Drachenberg; J. E. Draper; J. C. Dunlop; M. R. Dutta Mazumdar; L. G. Efimov; E. Elhalhuli; M. Elnimr; J. Engelage; G. Eppley; B. Erazmus; M. Estienne; L. Eun; P. Fachini; R. Fatemi; J. Fedorisin; R. G. Fersch; P. Filip; E. Finch; V. Fine; Y. Fisyak; C. A. Gagliardi; D. R. Gangadharan; M. S. Ganti; E. J. Garcia-Solis; A. Geromitsos; F. Geurts; V. Ghazikhanian; P. Ghosh; Y. N. Gorbunov; A. Gordon; O. Grebenyuk; D. Grosnick; B. Grube; S. M. Guertin; A. Gupta; N. Gupta; W. Guryn; B. Haag; T. J. Hallman; A. Hamed; L-X. Han; J. W. Harris; J. P. Hays-Wehle; M. Heinz; S. Heppelmann; A. Hirsch; E. Hjort; A. M. Hoffman; G. W. Hoffmann; D. J. Hofman; R. S. Hollis; H. Z. Huang; T. J. Humanic; L. Huo; G. Igo; A. Iordanova; P. Jacobs; W. W. Jacobs; P. Jakl; C. Jena; F. Jin; C. L. Jones; P. G. Jones; J. Joseph; E. G. Judd; S. Kabana; K. Kajimoto; K. Kang; J. Kapitan; K. Kauder; D. Keane; A. Kechechyan; D. Kettler; V. Yu. Khodyrev; D. P. Kikola; J. Kiryluk; A. Kisiel; A. G. Knospe; A. Kocoloski; D. D. Koetke; T. Kollegger; J. Konzer; M. Kopytine; I. Koralt; W. Korsch; L. Kotchenda; V. Kouchpil; P. Kravtsov; V. I. Kravtsov; K. Krueger; M. Krus; L. Kumar; P. Kurnadi; M. A. C. Lamont; J. M. Landgraf; S. LaPointe; J. Lauret; A. Lebedev; R. Lednicky; C-H. Lee; J. H. Lee; W. Leight; M. J. LeVine; C. Li; L. Li; N. Li; W. Li; X. Li; X. Li; Y. Li; Z. Li; G. Lin; S. J. Lindenbaum; M. A. Lisa; F. Liu; H. Liu; J. Liu; T. Ljubicic; W. J. Llope; R. S. Longacre; W. A. Love; Y. Lu; T. Ludlam; G. L. Ma; Y. G. Ma; D. P. Mahapatra; R. Majka; O. I. Mall; L. K. Mangotra; R. Manweiler; S. Margetis; C. Markert; H. Masui; H. S. Matis; Yu. A. Matulenko; D. McDonald; T. S. McShane; A. Meschanin; R. Milner; N. G. Minaev; S. Mioduszewski; A. Mischke; M. K. Mitrovski; B. Mohanty; D. A. Morozov; M. G. Munhoz; B. K. Nandi; C. Nattrass; T. K. Nayak; J. M. Nelson; P. K. Netrakanti; M. J. Ng; L. V. Nogach; S. B. Nurushev; G. Odyniec; A. Ogawa; H. Okada; V. Okorokov; D. Olson; M. Pachr; B. S. Page; S. K. Pal; Y. Pandit; Y. Panebratsev; T. Pawlak; T. Peitzmann; V. Perevoztchikov; C. Perkins; W. Peryt; S. C. Phatak; P. Pile; M. Planinic; M. A. Ploskon; J. Pluta; D. Plyku; N. Poljak; A. M. Poskanzer; B. V. K. S. Potukuchi; C. B. Powell; D. Prindle; C. Pruneau; N. K. Pruthi; P. R. Pujahari; J. Putschke; R. Raniwala; S. Raniwala; R. L. Ray; R. Redwine; R. Reed; J. M. Rehberg; H. G. Ritter; J. B. Roberts; O. V. Rogachevskiy; J. L. Romero; A. Rose; C. Roy; L. Ruan; R. Sahoo; S. Sakai; I. Sakrejda; T. Sakuma; S. Salur; J. Sandweiss; E. Sangaline; J. Schambach; R. P. Scharenberg; N. Schmitz; T. R. Schuster; J. Seele; J. Seger; I. Selyuzhenkov; P. Seyboth; E. Shahaliev; M. Shao; M. Sharma; S. S. Shi; E. P. Sichtermann; F. Simon; R. N. Singaraju; M. J. Skoby; N. Smirnov; P. Sorensen; J. Sowinski; H. M. Spinka; B. Srivastava; T. D. S. Stanislaus; D. Staszak; J. R. Stevens; R. Stock; M. Strikhanov; B. Stringfellow; A. A. P. Suaide; M. C. Suarez; N. L. Subba; M. Sumbera; X. M. Sun; Y. Sun; Z. Sun; B. Surrow; T. J. M. Symons; A. Szanto de Toledo; J. Takahashi; A. H. Tang; Z. Tang; L. H. Tarini; T. Tarnowsky; D. Thein; J. H. Thomas; J. Tian; A. R. Timmins; S. Timoshenko; D. Tlusty; M. Tokarev; V. N. Tram; S. Trentalange; R. E. Tribble; O. D. Tsai; J. Ulery; T. Ullrich; D. G. Underwood; G. Van Buren; G. van Nieuwenhuizen; M. van Leeuwen; J. A. Vanfossen; R. Varma; G. M. S. Vasconcelos; A. N. Vasiliev; F. Videbæk; Y. P. Viyogi; S. Vokal; M. Wada; M. Walker; F. Wang; G. Wang; H. Wang; J. S. Wang; Q. Wang; X. Wang; X. L. Wang; Y. Wang; G. Webb; J. C. Webb; G. D. Westfall; C. Whitten; H. Wieman; E. Wingfield; S. W. Wissink; R. Witt; Y. Wu; W. Xie; N. Xu; Q. H. Xu; W. Xu; Y. Xu; Z. Xu; L. Xue; Y. Yang; P. Yepes; K. Yip; I-K. Yoo; Q. Yue; M. Zawisza; H. Zbroszczyk; W. Zhan; S. Zhang; W. M. Zhang; X. P. Zhang; Y. Zhang; Z. P. Zhang; J. Zhao; C. Zhong; J. Zhou; W. Zhou; X. Zhu; Y-H. Zhu; R. Zoulkarneev; Y. Zoulkarneeva

A Decoder-free Transformer-like Architecture for High-efficiency Single Image Deraining

Proceedings of the Thirty-First International Joint Conference on Artificial Intelligence

IF0

2022-07-01