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Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset
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OA
AI
DOI：10.1186/s13059-025-03543-4.png)
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摘要
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背景空间转录组学使得在复杂组织背景下测量基因表达成为可能。在众多空间捕获技术中，10x Genomics的Visium平台是一种流行的技术，能够对组织切片进行全转录组范围的表征。Visium提供了一系列样本处理和文库构建方法，这引入了基准测试的必要性，以比较数据质量并评估该技术恢复预期组织特征和生物标志物的能力。结果在这里，我们介绍了SpatialBenchVisium，一个独特的参考数据集，来源于对疟疾感染做出反应的小鼠脾脏组织，跨越了多种组织制备协议（包括新鲜冷冻和FFPE样本，以及手动或CytAssist组织放置）。我们注意到，基于探针捕获方法制备的参考样本具有更好的质量控制指标，特别是那些使用CytAssist处理的样本，验证了该平台产生的数据质量的提升。我们对重复样本的分析扩展至探索空间变异基因检测、聚类及细胞解卷积的结果，利用匹配的单细胞RNA测序数据和公开可用的参考数据来识别脾脏中预期的细胞类型和组织区域。多样本差异表达分析恢复了与生物性别或基因敲除相关的已知基因标志物。
Keyword:
Spatial transcriptomics
Benchmarking
10x Visium
Multi-sample analysis
Differential expression
期刊
G
IF:
9.4
论文数:
6.4K
被引数:
7.3W
机构
引用论文
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