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LinkML: an open data modeling framework
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AI
DOI：10.1093/gigascience/giaf152.png)
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摘要
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背景 科学研究依赖于结构良好、标准化的数据；然而，许多数据存储在自由文本实验室笔记本、非标准化电子表格或数据存储库等格式中。这种缺乏结构的情况挑战了互操作性，使得数据集成、验证和重用变得困难。
发现 LinkML（链接数据建模语言）是一个开放框架，简化了数据创作、验证和共享的过程。LinkML能够描述多种数据结构，从扁平的列表模型到复杂的、相互关联的、标准化的模型，这些模型利用多态性和复合继承。它提供了易于理解的语法，不依赖于任何特定的技术架构，并且可以无缝集成到许多现有框架中。LinkML语法提供了一种标准方式来描述模式、类和关系，使建模者能够构建定义清晰、稳定且可选地与本体对齐的数据结构。一旦定义，LinkML模式可以导入到其他LinkML模式中。这些关键特性使LinkML成为跨学科合作的易用平台，以及定义和共享数据语义的可靠方式。
结论 LinkML有助于减少异构性、复杂性和单次使用数据模型的激增，同时使数据符合FAIR（可发现、可访问、可互操作和可重用）标准。LinkML已在生物学、化学、生物医学、微生物组研究、金融、电气工程、交通运输和商业软件开发等多个领域得到越来越多的应用。简而言之，LinkML使隐式模型明确可计算，并允许数据在源头被标准化。LinkML文档和代码可在https://linkml.io/获取。
Keyword:
data modeling
FAIR data
open source
open data
data integration
schema
AI-ready data
semantic modeling
ontologies
期刊
IF:
3.9
论文数:
1.6K
被引数:
1.2W
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